L’edificio dedicata a S. Girolamo, sacerdote e dottore della Chiesa, fu fatto costruire ex novo dal duca Guglielmo Gonzaga presso una vecchia torre ridotta a campanile, nel 1585. Lo attesta un documento datato 6 agosto 1585 in cui si dice che Guglielmo Gonzaga, trovandosi ad alloggiare a Motteggiana in quell'estate afosa, costatò la difficoltà che avevano gli abitanti del luogo a seguire le funzioni religiose, dovendosi recare necessariamente a Sailetto o a Villa Saviola. La chiesa era annessa ad uno scomparso monastero gerolamino. Ha subito trasformazioni successive alla sua data di edificazione, a giudicare anche da un affresco settecentesco riapparso in sagrestia nel quale un cartiglio parla di un rifacimento e di un ornamento a spese di Pietro Moretti detto Madini. Per i primi settant’anni fu affidata alla congregazione dei padri di S. Girolamo di Fiesola che la lasciarono nel 1653 a seguito della soppressione dell’ordine. Nel 1743 fu elevata a titolo di arcipretura. Documenti storici parlano della presenza di un tunnel che collegava la chiesa parrocchiale alla vicina corte Ghirardina, storica corte lombarda. Motteggiana fu un luogo-chiave nell'assetto militare sotto il dominio austriaco e qui si ebbe probabilmente uno dei pochi episodi "vittoriosi" durante la terza guerra d'Indipendenza del 1866.